مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی از افرادی بوده است که هرگز زیر بار زور نمی‌رفته و با هر ظالم و زورگویی مبارزه می‌کرده است. در زندگی همیشه طالب حق و عدالت بوده و به فرموده خودشان تمام تار و پود وجودش گواهی بر وحدانیت خدای متعال و رسالت رسول اکرم می‌داده و به حکم اینکه هر مسلمان واقعی پیرو حق و عدالت میباشد، ایشان در تمام زندگی خدا را مد نظر داشته و جز به راه حق و عدالت راهی نپیموده است.
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در عراق سیاست خاصی نداشته و چون در زمان خود قدرت منحصر به فرد بوده همه را چون فرزندان عزیز می‌داشته و نسبت به همه مردم خصوصاً ضعفا توجه بسیار مبذول می‌داشته که در فصل آینده مشروحا در این مورد توضیح داده خواهد شد.
در دوران سلطنت ناصرالدین شاه تا زمانی که حکومت عراق جز اصفهان و در زیر سلطه شاهزاده ظل‌السلطان فرزند ناصرالدین شاه بوده است، همیشه موجبات ناراحتی مرحوم آقای حاج آقا محسن فراهم می‌شده زیرا بین ایشان و ظل السلطان هرگز روابط خوب و عادی هم برقرار نبوده است.
علت مخالفت ظل‌السلطان را با مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی باید قدرت زیاد و اراده قوی و زیر بار زور نرفتن آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به شمار آورد. در مورد اختلاف با شاهزاده ظل‌السلطان بین مرحوم آقای حاج آقا محسن با آیت‌الله العظمی آقای آقا نجفی اصفهانی وحدت نظر کامل وجود داشته و همین امر موجبات دوستی بین دو نفر آقایان فوق‌الذکر را فراهم نموده. این دوستی و رفاقت بالاخره منجر به قرابت و خویشاوندی گردید و دختر مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به نام عالمتاج خانم به عقد ازدواج مرحوم آیت الله العظمی آقای حاج شیخ جمال الدین نجفی اصفهانی برادر کوچک مرحوم آقای نجفی درآمده است.
شاهزاده ظل‌السلطان در تمام منطقه‌ای که زیر سلطۀ حکومتِ ایشان بود با نهایت قدرت حکومت می‌کرد و کسی را یارای مخالفت با ایشان نبوده و از اینکه مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در مقابل قدرت‌های شیطانی ایستادگی و مقاومت می‌نموده و تسلیم نمی‌شده، ناراحت می‌شده است و حتی در بعضی موارد از طرف آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی اقداماتی به عمل می‌آمد که موجب ناراحتی شاهزاده فراهم می‌شده.
برای مثال حدود ۵۰ کیلومتری شمال شرقی عراق مرتع و مزرعه‌ای واقع است به نام لته‌در، در اطراف این مرتع کوه‌هایی قرار گرفته به نام هفتاد قله و چکاب. چنانچه در تاریخ مسعودی مذکور است، این کوه‌ها از بهترین شکارگاه های ایران میباشد و شاهزاده ظل‌السلطان، بعضی مواقع برای شکار به این محل می‌آمده، این مزرعه و مرتع تماما متعلق به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بوده است. شاهزاده ناصرالدوله فرمانفرما هم علاقه کامل به شکار داشته و ایشان با مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی روابط حسنه برقرار می‌نماید. روزی که به دیدار مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی میرود، به مناسبتی سخن از لته‌در به میان می‌آید. آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی سه دانگ لته‌در را به ایشان می‌بخشد. این موضوع موجب رنجش ظل‌السلطان شده و از این عمل بسیار ناراحت میشود. در یکی از مسافرت هایی که ظل‌السلطان برای شکار به کوه‌های هفتاد قله و لته‌در می‌نماید، در آن جا مرحوم آقای حاج آقا محسن را احضار می‌نماید. آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به محلی که ظل‌السلطان و همراهان چادر زده بودند وارد میشود. ظل‌السلطان برای اینکه برای ایشان احترامات لازم را ملحوظ ننماید، به اصلان خان پیش خدمت مخصوص خود می‌گوید که معظم‌له را به چادر خودش یعنی چادر اصلان خان هدایت نماید و اصلان خان هم چنان که باید و شاید رعایت ادب و احترام را نکرده و رفتار او حتی توهین آمیز هم بوده است. عصر آن روز شاهزاده ظل‌السلطان به اصلان خان دستور میدهد که اسب مخصوص شاهزاده را سوار شده و قدری سواری نماید و نرمش دهد. اصلان خان پس از سوار شدن شروع به تاخت می‌نماید و برحسب تصادف پای اسب به سوراخی فرو میرود و اسب با سر به زمین میخورد و اصلان خان در دم جان می‌سپارد. ظل‌السلطان که گویا از رفتار او اطلاع داشته، پیشامد را به فال بد گرفته، بدون این که با مرحوم حاجی آقا محسن ملاقاتی نماید، پیغام میدهد که معظم‌له مراجعت نمایند. موضوع زمین خوردن اسب و فوت اصلان خان در تاریخ مسعودی مضبوط است.
ناصرالدین شاه نسبت به آقای حاج آقا محسن نظر نامساعدی نداشته و یکی دو بار هم که ایشان را به تهران از احضار نمود، پس از مدتی کوتاه به ایشان اجازه مراجعه را داده و در یکی از این مسافرت ها که آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی احضار شده و نزد شاه میرود ظل‌السلطان هم احضار به حضور شاه شده بود. پس از مذاکراتی که به عمل آمد، شاه رخصت مراجعت به آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی میدهد و برای این که موجبات دردسر بیشتر فراهم نشود و رنجش آقایان علما فراهم نگردد، حکومت عراق را از اصفهان و ظل‌السلطان جدا می‌نماید و از مرکز برای عراق حاکم اعزام می‌دارد.
مرحوم آقای حاج آقا محسن در مقابل سلاطین و ارباب قدرت هرگز خضوع و خشوع نمی‌نمود و حدود را همیشه مراعات می‌فرمود. چنانچه وقتی ناصرالدین شاه به مسافرت عراق عجم اقدام نمود، اتابک اعظم که از دوستان مرحوم آقای حاج آقا محسن بوده است، سعی نمود که بلکه مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را راضی نماید که خارج شهر عراق به استقبال شاه بیاید ولی ایشان به هیچ وجه قبول نکرد و فرزندان خود را خارج از شهر به استقبال فرستاد و خود در شهر از شاه دیدن نمود. در سفرنامه عراق عجم ناصرالدین شاه در صفحه ۵۵ چنین مسطور است "بغدادی که دهیست خوش آب و هوا و قدری از آن مال حاجی آقا محسن مجتهد است جای خوبی بود. پنج شش نفر پسرهای حاجی آقا محسن آمدند دم کالسکه به حضور رسیدند. بعد از دیدن آنها قدری که رفتیم حکیم الممالک که از شهر آمده بود به حضور رسید (توضیحا بغدادی در ۱۰ کیلومتری شهر عراق (اراک) واقع میباشد).
در مهمانی که از طرف آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی از ناصرالدین شاه در سراب قریه عمارت به عمل آمد، مرحوم آقا برادر و عمو و پیشکار خود را به قریه مذکور به مهمانداری شاه اعزام داشت. قریه عمارت که سراب بزرگی دارد در ۳۵ کیلومتری اراک در بلوک کزاز واقع است. در سفرنامه عراق عجم صفحه ۷۰ روز شنبه هجدهم ناصرالدین‌شاه می‌نویسد "جناب امین السلطان سه نفر سادات محترم عراق را که حاجی سید نعمت برادر جناب حاجی آقا محسن و دو نفر دیگر آقا سید علی اکبر عموی حاجی آقا محسن و میرزا سید سلیم پیشکار جناب مشارالیه بودند و خلعت به آنها مرحمت شده بود، به حضور آورد. برادر جناب حاجی آقا محسن با اینکه کوچک‌تر از حاجی آقا محسن است و زیاد تر از ۵۲ سال ندارد صورتا خیلی پیر شده و ریش سفیدی دارد."
نحوه رفتار مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در مقابل ارباب قدرت به گونه ای بوده است که بعضی از صاحبان مقام و قدرت و عمال دیوان و دولت رفتار آن مرحوم را دال بر غرور دانسته و از بی اعتنایی معظم اله رنج می‌برده‌اند.
آقای ابراهیم صفایی در کارنامه ناموران از انتشارات انجمن تاریخ نامه‌ای را از شاهزاده فیروز میرزا به صدراعظم وقت مرحوم میرزا حسن خان سپهسالار نقل می‌نماید که پس از توضیحات مختصر عین نامه ذیلا درج می‌گردد. شاهزاده فیروز میرزا فرزند مرحوم مغفور شاهزاده عباس میرزا نایب السلطنه و عموی ناصرالدین شاه میباشد که ملقب به نصرت‌الدوله بوده است. شاهزاده فیروز میرزا نصرت‌الدوله در سال ۱۲۹۱ هجری قمری حاکم عراق بوده و در سال ۱۲۹۶ قمری لقب فرمانفرما گرفته است. نصرت‌الدوله در ۱۹ جمادی الاول ۱۳0۳ قمری در سن هشتاد سالگی درگذشته است. وقتی ایشان حاکم عراق (اراک) بوده متجاوز از ۷۰ سال قمری داشته و چون مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در سال ۱۲۴۷ قمری متولد شده در زمان حکومت فیروز میرزا بر عراق حدود ۴۵ سال داشته است.
اینک عین نامه فیروز میرزا نصرت‌الدوله (فرمانفرما) به سپهسالار صدراعظم نقل میشود:
فدایت بشوم محرمانه عرض می‌کنم این حاجی آقا محسن چند سال است خیلی غرور به هم رسانیده و جوان به این قسم مغرور بار نیاید. بالمآل ندامت به بار بیاورد گوشمال بسیار سختی لازم دارد. می‌خواستم این بنده، آدم مخصوص بفرستم به او بنویسم که شما اندکی تربیت لازم دارید البته تشریف به کربلا ببرید قدری تحصیل نمایید یا تهران بروید از علما آنجا قدری تحصیل ادب و آداب نمایید و راه و رسم انسانیت و دوستی را یاد بگیرید. با ملاحظه به اینکه اذن و اجازه از دولت نبود، مرتکب نشدم ولی غیر این اگر بشود رشته کار عراق به کلی غیر منظم و ضایع خواهد شد. به نایب الحکومه که سهل است منبعد این حاجی آقا محسن به بنده و احکام دیوانی اعتنا نخواهد کرد تفضیل حالت‌های او را از دبیر الملک و میرزا سید احمد و بنده تحقیق نمایید خود سرکار هم بهتر از همه آگاه می‌باشید. بالفعل جمیع کارها را شلوغ کرده ضایع نموده است صاحب اختیار می‌باشید عرضی ندارم.
چنانچه در نامه ملاحظه میشود شاهزاده فیروز میرزا نصرت‌الدوله حاکم عراق نتوانسته است کوچکترین کار خلافی را از مرحوم آقای حاج آقا محسن ذکر نماید و فقط به کلماتی غیر معلوم و مجهول پرداخته و حتی ضمن نامه از صدراعظم می‌خواهد که از دو نفر مذکور در نامه حالات مرحوم حاجی آقا محسن را سوال و پرسش نمایند چنانچه قبلا هم ذکر گردید مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی اهل تملق و چاپلوسی نبوده، لهذا حالات او خوشایند مامورین عالی‌رتبه دولت نبوده است. مهمترین علتی که متنفذین و عمال دولت و ارباب قدرت از مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی شکوه و شکایت داشتند نفوذ فوق العاده ایشان بین مردم عراق و طرفداری و حمایت مجدانه ایشان از ضعفا و خصوصاً زارعین در مقابل عمال دولت بوده است. زیرا هر موقع کسی را در مقابل قدرت، مظلوم می‌دید به جانبداری مظلوم بر می‌خاسته‌اند و تا حد توانایی از ظلم و ستم جلوگیری می‌کرده‌اند. این ایستادگی تنها در مقابل عمال دولت و قلدران محلی نبوده است، بلکه در مقابل زورگویی بیگانگان و خارجی‌ها نیز از مردم بی پناه حمایت می‌نمودند.
در زمان حیات ایشان در شهر سلطان آباد عراق کمپانی وجود داشته به نام کمپانی زیگلر، که کار اصلی این کمپانی سفارش فرش و صادرات فرش به خارج بوده و از این راه تحصیل درآمد می‌کرده است. رسم بر این بوده که کمپانی مذکور خامه (پشم) و تار و پود و سایر مواد مورد نیاز فرش را تهیه و با نقشه در اختیار خانواده زارع می‌گذاردند که فرش را ببافند و در مقابل دستمزدی بسیار ناچیز پرداخت می‌نمودند و اگر جزئی اشتباه و یا تأخیری از طرف بافندگان که خانواده کشاورزان بودند رخ می‌داد، به بهانه‌های مختلف از دستمزد آنها کسر می‌گذاردند. چون مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی مانع هر گونه ظلم و ستمی به زارعین می‌گردید و چون کمپانی زیگلر تعداد زیادی قالی در دهات مرحوم آقای حاج آقا محسن و مربوطین معظم‌له بدار داشت آقای زیگلر رئیس کمپانی در صورت ظاهر از نظر تحصیل منافع و جلوگیری از زیان و ضرر هیچ گونه ایراد و اشکالی نداشته و حتی اظهار خصوصیت می‌نموده، ولی همیشه مترصد بوده است که به عناوین پوچ و غیر واقع موجبات نفی بلد مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را به وسیله دولت فراهم نماید تا بتواند برای کسب منافع بیشتر به زارعین فشار آورد. ذیلا نامه ای از سفارت انگلیس به وزارت امور خارجه را نقل می‌نماید:
نامه سفارت انگلیس به وزارت امور خارجه
تهران دوم مه ۱۹۰۷
4/2/1325 قمری
جناب اشرف، متاسفانه در خصوص مسئله ای که ممکن است تولید زحمت نماید خاطر مبارک را تصدیع دهم. حاجی آقا محسن مدتیست که تمام سلطان آباد را در زحمت انداخته است.
البته می‌دانید که در آن شهر مسیو زیگلر تبعه انگلیس چند سال است به تجارت فرش مشغول و تقریباً هر سال یکصد و پنجاه هزار تومان به آنجا وارد می‌کنند و چنانچه این مختل شود نه تنها به مداخل آن شهر ضرر میخورد بلکه به پیشرفت تجارت ایران در خارج نیز خیلی ضرر وارد خواهد شد. اهالی این شهر عریضه‌ای بدوستار داده و استدعا نموده‌اند که این شخص را از آن محل بردارند زیرا به وسیله قتل و غارت هایی که راه انداخته تمام این شهر را در مهلکه انداخته است و اگر به او اجازه داده شود باز هم آنجا بماند بلاشک قسمت بیشتر آن محل را خراب خواهد کرد. چند روز قبل اجساد مقتولین ابراهیم آباد را که به حکم او کشته شده بودند به شهر آورده و دهات ابراهیم آباد که محل یکی از بهترین کارخانه های قالی بافی است به کلی خراب کرده است. بسیار متعجب و متاسف شدم از اینکه پس از این کارها یک نفر را با پانصد تومان به تهران فرستاده و یک تلگراف رسمی از دولت صادر نموده که در آن شهر بر اقتدار خود باقی باشد. اگر اینطور باشد یقیناً بیش از پیش صدمه خواهد زد و محققا من هم رسما در مقام شکایت بر می‌آیم زیرا اسباب تهدید اتباع انگلیس شده است و اگر این شخص به اتباع انگلیس و املاک آنها صدمه برساند مجبورم از دولت فخیمه خود استدعا کنم مطلب را به دربار انگلیس اظهار نموده و رسماً با کمال جد و جهد در مقام اخراج بلد کردن او و تلافی کارهایش برآیند. محض جلوگیری از این اقدامات و اظهار دوستی به دولت علیه ایران اجالتاً به این مراسله خصوصی و غیررسمی اکتفا می‌کنم. جناب اشرف ملاحظه می‌فرمایید که تکلیف دوستدار نیست که در کارهای مملکت مداخله کنم مگر اینکه رعایای انگلیس یا منافعشان در معرض خطر باشند و اینکه قبل از وقت اطلاع می‌دهم که در سلطان آباد اتباع انگلیس و منافعشان در خطر است یک نوع اظهار دوستانه و با اقدامات دوستانه جنابعالی ممکن است از شکایت رسمی پیشگیری شود
سر اسپرینگ رایس وزیر مختار
اما اصل این داستان این بوده است که بین عده‌ای از زارعین ابراهیم آباد به زعامت علی خان صمصام نظام رییس قره سوران آن منطقه (از معاندین مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی) و کشاورزان قریه‌ی امراباد متعلق به شاهزاده خانم انورالسلطنه صبیه شاهزاده ناصرالدوله (ناصرالدوله اخوی شاهزاده عبدالحسین میرزا فرمانفرما) که متصدی ده کریم‌خان پیشکار خانم انورالسلطنه بوده نزاعی در می‌گیرد و از طرفین دعوی سه چهار نفر مقتول می‌شوند و پرونده به عدلیه آن زمان ارجاع می‌گردد که این قضیه هیچ گونه ارتباطی با مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی و یا بستگان ایشان نداشته است. چرا سفارت انگلیس این قضیه را به ایشان نسبت داده و با این دستاویز تقاضای نفی بلد معظم‌له را از دولت نموده است فقط برای این بوده که کمپانی زیگر انگلیسی بتواند کشاورزان آن ناحیه را بهتر بچاپد و سود بیشتر تحصیل کند و اصولاً دخالت وزیر مختار انگلیس در نفی بلد معظم له یا هر ایرانی دیگر چه صورت و مجوزی داشته است.
در نامه وزیر مختار انگلیس صراحتا بیان و اذعان شده است که به خاطر منافع اتباع انگلیس بایستی حاجی آقا محسن از سلطان آباد عراق نفی بلد و تبعید شود. همین امر نشانه‌ای است از حمایت جدی مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی از قالیبافان که تمام آنها از خانواده کشاورزان و زارعین بوده‌اند در مقابل اتباع انگلیس.
در اوان مشروطیت و تشکیل مجلس شورای ملی یکی از افرادی که در سخنرانی های خود علیه مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بیاناتی ایراد و نسبت‌های ناروایی می‌داده آقای تقی‌زاده بوده است و مقارن با زمانی که سفارت انگلیس تقاضای تبعید آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را از عراق می‌نماید. آقای تقی زاده هم ضمن بیانات و نظق های خود در مجلس شورای ملی تقاضای نفی بلد و تبعید آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را نموده است.
بعد از اینکه حکومت عراق از ظل السلطان منتزع گردید تا زمانی که ناصرالدین شاه سلطنت می‌کرد از طرف کلیه مقامات نسبت به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی نهایت احترام مبذول می‌گردیده و روابط ایشان با مرکز کاملا عادی بوده است به طوری که اکثر حکامی که از طرف دولت به حکومت عراق منصوب می‌شدند پس از ورود به اراک در سلک دوستان مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی قرار می‌گرفته‌اند از جمله مرحوم ساعدالدوله پدر سپهسالار در مدتی که در عراق حاکم بوده روابط بسیار نزدیک و دوستانه‌ای بین ایشان و مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی برقرار میشود که رابطه دوستی تا آخر عمر برقرار بوده است و بعد از این که از عراق عزیمت می‌نماید مکاتبه بین آنها مرتبا ادامه داشته است. همچنین مفهوم فخرالملک اردلان پدر مرحوم حاج عز الممالک اردلان که در دوران حکومت در عراق روابطی کاملاً نزدیک و دوستانه با معظم له داشته و با مرحوم حکیم الممالک والی (جد خانواده فرزانه) که در سنوات 1305 و ۱۳۰۶ قمری و یک بار هم بعداً حاکم عراق بوده با مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی روابط بسیار دوستانه داشته که این روابط به قرابت و خویشی انجامیده و دو دختر ایشان به زوجیت دو فرزند مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی، آقای حاج آقا مصطفی و آقای حاجی میرزا شمس الدین درآمده‌اند و یا مرحوم محمد تقی خان نوه مرحوم غلامحسین خان سپهدار که در زمانی که حکومت اراک را داشته همیشه مورد حمایت مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بوده است.
پس از آنکه مظفرالدین شاه به سلطنت رسید با اینکه مردی خوش نیت بوده و شامل غالباً مریض و ضعف مزاج و بیماری بر او غلبه داشته، از شخص مقتدر و متنفذی چون مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی نگران و بدبینی خود را پنهان نمی‌داشته شاید به علت کسالت و ضعف مزاج که منجر به نفوذ درباریان و اطرافیان او شده بود اطرافیان و درباریان موجبات نگرانی و بدبینی شاه را فراهم می‌نمودند تا خود به نوایی رسند.
مظفرالدین شاه در سال ۱۳۱۸ قمری مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را نفی بلد و به تهران احضار می‌نماید. به محض اینکه ایشان به تهران می‌آید شاهزاده ابوالفضل میرزا اعضدالسلطان چهارمین فرزند ذکور خود را که در آن هنگام هجده ساله بوده است به حکومت عراق و ولایات ثلاث گلپایگان و خمین خوانسار منصوب و اعزام می‌دارد. به سبب جوانی شاهزاده عضدالسلطان قسمت عمده امور به وسیله اطرافیان ایشان انجام می‌شده است. با ورود حاکم جدید اطرافیان حاکم موجبات مزاحمت برای متصدیان و مباشرین امور مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را فراهم می‌نمایند بطوری که قسمتی از عواید و درآمد دهات در سال اول حکومت ایشان از بین میرود و آقای حاجی میرزا محمود دومین فرزند ذکور مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی که متصدی امور دهات بوده است ناچار عراق را ترک می‌کند و کار و امور مربوطه به دهات به مرحوم آقای ابوتراب خان (جد آقایان خزایی های چاپلق) سپرده میشود که ایشان برای مدتی امور را اداره می‌نماید و با ارتباطی که با مقامات دولتی دائر کند کار ها انجام می‌پذیرد و در بقیه مدت حکومت شاهزاده عضد السلطان آقای حاج میرزا شمس الدین فرزند دیگر آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی متصدی امور دهات میشود و ایشان با نفوذ معنوی که در عراق و در بین مردم داشته‌اند و با رابطه ای که شخصاً با حاکم برقرار می‌نماید و با خلق خوش موفق به اداره امور و تحصیل عوائد می‌گردد.
سالها بعد از فوت مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بزرگترین دختر شاهزاده عضدالسلطان به نام خانم انیس السلطنه به عقد ازدواج کوچکترین فرزند ذکور مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی، آقای حاج سید حسین خاکباز محسنی در می‌آید.
مدت نفی بلد و تبعید و توقف مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در تهران از سال ۱۳۱۸ هجری قمری الی ۱۳۲۴ به طول انجامیده و پس از حدود ۶ سال توقف در تهران به عراق (اراک) مراجعت نمودند.
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی صاحب اراده ای بسیار قوی و طبیعی استوار و متین در دوستی ثابت و محکم و از مسلمانان و متدینی بودند که جمله آیه کریمه بنیان مرصوص درباره ایشان مصداق داشته است. در توکل به خدا کم نظیر، در اجرای عوامل الهی جاهد، در تمام امور متکی به عنایات الهی بوده است. استقامت زیاد در امور موجب گردیده که عده ای ایشان را به لجاجت متصف نموده‌اند. مثلاً در یکی از مسافرت‌ها که از عراق عازم تهران بوده‌اند، میرزا علی اصغرخان اتابک در قم به سر می‌برده و مورد بی مهری سلطان وقت بوده است مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به محض ورود به قم پس از تشرف به آستانه مقدسه حضرت معصومه به دیدن اتابک که با ایشان سوابق دوستی داشته، میرود. متملقین و چاپلوسان فوراً این موضوع را به شاه گزارش می‌دهند. پس از آمدن مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به تهران شاه به وسیله یکی از رجال برای ایشان پیغام می‌فرستد که با توجه به اینکه اتابک مورد بی‌مهری میباشد نمی‌بایستی شما از دیدن و ملاقات می‌کردید.
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در جواب می‌گوید: " به شاه عرض کنید اتابک از دوستان نزدیک هم میباشد و من با دنیا اقبال و ادبار نمی‌کنم. اگر اتابک مورد بی مهری نبود و با وضع عادی در غم بسر می‌برد مسلما در دیدار ایشان مقدم نمی‌شدم و منتظر می‌مانند تا ایشان دیدن نماید و سپس به بازدید ایشان می‌رفتم ولی چون ایشان مورد بی‌مهری شاه بود پس از تشرف به آستانه مقدسه به دیدار ایشان رفتم و ایشان هم همان روز به بازدید من آمد.
روزی عین الدوله صدراعظم ضمن ملاقات با مرحوم حاجی آقا محسن اظهار می‌دارد که چون کالسکه چهار اسبه مخصوص ولیعهد است اعلیحضرت مظفرالدین شاه اظهار علاقه نمودند که شما به جای استفاده از چهار اسب برای کالسکه خودتان از سه اسب استفاده نمایید. مرحوم آقا در جواب می‌فرمایند: به پادشاه عرض شود تعداد اولاد و نوادگان من زیاد میباشد و از این جهت کالسکه مورد استفاده قدری بزرگتر از معمول است چون در موقع سوار شدن کالسکه همیشه تعدادی از فرزندان و نوادگان همراه هستند کشش کالسکه برای اسبها سنگین خواهد بود. اگر پادشاه یا ولیعهد ناراضی هستند ولیعهد کالسکه خود را پنج اسبه نماید.
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی از کسانی بوده که در جریانات انقلاب مشروطه مخالفت اساسی خود را با استبداد و کمک به مشروطه خواهان بمنصه ظهور رسانید.
آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در بین سنوات ۱۳۱۸ تا سال ۱۳۲۴ قمری تبعید و به حکم اجبار در تهران ساکن بوده است و همین امر موجب گردید که بهتر بتواند نسبت به مشروطه خواهان کمک‌های مادی و معنوی نماید و در تشویق و ترغیب آنها کوشا باشد.
در زمانی که مشروطه خواهان در حضرت عبدالعظیم متحصن بودند با توجه به سوابق دوستی که آقایان علما اعلام طباطبایی و بهبهانی با مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی داشتند و با توجه به اینکه مظفرالدین شاه موجبات ناراحتی معظم له را فراهم و ایشان را نفی بلد نموده و بین آنها کدورت بوده است پیغامی به معظم‌له دادند که مشروطه‌خواهان متحصن از نظر مالی در مضیقه می‌باشند و چون کلیه وجوه به مصرف رسیده با این وضع تامین وسایل و نیازمندی‌های متحصنین مشروطه خواه در حضرت عبدالعظیم غیر مقدور و رو به اتمام است و برای اینکه بتوان این تجمع و تحصن را حفظ نمود احتیاج به وجه میباشد. مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی مبلغ شش تومان که در آن زمان با توجه به ارزش پول، وجهی قابل ملاحظه بوده است، برای ایشان ارسال بر روی یک تکه کاغذ کوچک این بیت را شخصاً مرقوم و به حامل می‌سپارد که به آقایان طباطبایی و بهبهانی داده شود. بیت مزبور این است:
من نمیگویم سمندر باش یا پروانه باش چون به فکر سوختن افتاده ای مردانه باش
چنانچه قبلاً گفته شد یکی از افرادی که پس از اعطای مشروطیت و گشایش مجلس شورای ملی در زمان نطق های خود نسبت های ناروایی به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی داده، آقای تقی زاده بوده است. در دوره چهاردهم که آقای خاکباز سمت نمایندگی مجلس را داشته است و آقای تقی زاده هم پس از مدت‌ها به ایران مراجعت نموده بود و بین آقایان مذکور به طور خصوصی بحث و گفتگو میشود. بالاخره هر دو نفر نزد مرحوم آقای سید محمدصادق طباطبایی رئیس مجلس در دوره چهاردهم و فرزند مرحوم آیت الله سید محمد طباطبایی که خود حاضر و ناظر در جریانات مشروطیت بوده است، می‌روند که ایشان نظرات خود را اعلام دارند. مرحوم آقای آقا سید محمدصادق طباطبایی جریان ارسال وجه و مبلغ آن را از طرف مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی نزد آیات عظام آقایان طباطبایی و بهبهانی جهت مخارج و مصارف مشروطه‌خواهان تایید و اظهار می‌دارند یکی از اشخاصی که همیشه آقایان طباطبایی و بهبهانی را تایید و ترغیب می‌نموده مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی عراقی بوده است. گرچه بین مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی و مرحوم آیت الله العظمی آقای حاج شیخ فضل الله نوری دوستی کامل و وداد و صمیمیت بسیار وجود داشته و علاوه بر دوستی و وداد قرابت و خویشی نیز داشته‌اند (دختر مرحوم حاج شیخ فضل الله نوری به نام خانم احترام الشریعه همسر آقای آقا سید محمد باقر نوه مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بوده است) ولی این دوستی و خویشی و قرابت مانع از آن نبود که ایشان علی‌رغم مظفرالدین‌شاه آنچه بتواند و به هر وسیله ممکن باشد، کمک به مشروطه خواهان نموده و ایشان را تهییج و ترغیب نماید. چند نفری بعد از صدور فرمان مشروطه در نوشته جات و گفته‌های خود نسبت های ناروایی به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی داده و بدگویی های نموده‌اند. از جمله چنانچه گفته شده آقای تقی‌زاده و یکی دیگر، آقای احمد کسروی بوده است.
هر دو آقایان مذکور بدون توجه به حقایق و واقعیت اظهار نظر نمودند.
کسروی در کتابی که بنام تاریخ مشروطه تالیف نموده است، در تمام فصول کتاب مرحوم آیت الله العظمی آخوند ملا کاظم خراسانی را حامی مشروطه و مشروطه خواهان دانسته و اظهار داشته که حمایت آخوند از مشروطیت و مشروطه خواهان یکی از موجبات اصلی پیشرفت مشروطه‌خواهان بوده است.
آقای تقی زاده نیز در صفحه ۳۲۵ کتاب خاطرات خود مرحوم داشت مرقوم داشته‌اند که آخوند ملا کاظم خراسانی در مشروعیت خیلی حق دارد.
با توجه به آنچه قبلاً ذکر شد نزدیکترین رابطه بین مرحوم آخوند ملا کاظم خراسانی و مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی برقرار بوده است و مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی همه ساله مبالغی وجه نزد مرحوم آخوند به نجف اشرف می‌فرستاد است. چنانچه مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی مخالف مشروطیت بوده، بایستی وجوه مزبور را نزد دیگری از مراجع که با مشروطیت مخالفت می‌نمود، ارسال و مخالفین مشروطیت را تایید می‌نمودند نه اینکه وجوه را نزد آخوند ملا کاظم ارسال دارد و در همه جا معظم‌له را تایید نماید.
پس از اینکه عده‌ای از علما برای مشروطه قیام نمودند و مشروطه‌خواهان به پیشرفت نائل آمدند و فرمان مشروطیت صادر گردید، با فشار علما و مشروطه‌خواهان مظفرالدین‌شاه با مراجعت آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به عراق (اراک) موافقت نمود و معظم‌له در سال ۱۳۲۴ قمری پس از حدود شش سال تبعید و نفی بلد به عراق مراجعت نمودند. چنانچه ایشان مخالف مشروطه بودند با پیشرفت مشروطه‌خواهان بایستی فشار بر ایشان بیشتر شود نه اینکه موجبات آسایش ایشان فراهم و رفع مضیقه و تبعید از معظم‌له بشود.
در مدتی که مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی در تهران اقامت داشت، وجود موثر و با برکت معظم‌له موجب گردید که ایشان را شیخ العلما می‌خواندند و مقدم بر همه به حساب می‌آید چنان مظفرالدین شاه که با ایشان عداوت می‌ورزید و ایشان را نفی بلد و به تهران احضار و تبعید کرده بود موقعی که سیدی به دست سربازها کشته شد و قاعله تمام شهر را فرا گرفت تصمیم گرفت یک نفر را برای مذاکره نزد آقایان علما بفرستد. دولتمردان دست به دامان مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی شدند و از ایشان تقاضا کردند که برای رفع غائله پیام دولت را به مشروطه خواهان برساند. عین مطلب را میرزا محمدخان وکیل الدوله وزیر تحریرات مظفرالدین شاه ضمن اسناد به رشته تحریر درآورده است.
در صفحه ۲۶ کتاب اسناد مشروطه که به همت آقای ابراهیم صفایی گردآوری شده نامه میرزا محمد خان وکیل الدوله وزیر تحریرات مظفرالدین‌شاه (ضمن سند دوم) چنین آمده است: " شاهزاده و آقای نایب السلطنه با جمعی امروز در دربار بودند. جناب آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی عراقی را نزد آقایان علما به مسجد جامع فرستادند که آنها را نصیحت و موعظه کند و در اسکات آنها مبالغه نماید. ضمنا حالی هم بکند که الان حکم شلیک رسیده است و باز ما راضی نشده و هرگز چنان هم اقدام نخواهد شد، در این صورت خوب است به مقام اصلاح برآمده و مردم را متفرق کنند الی آخر، و سلطان فوج که قاتل آن یک نفر سید بوده است او را هم همراه حاجی آقا محسن روانه می‌کنند که این خونی و قاتل شما هر کاری دارید با این قاتل بکنید. در جواب گفته‌اند اولا ما دعاگوی شاه و هرگز با شاه غرض و جسارتی نداریم که مستوجب بی‌مرحمتی بوده و حکم به شلیک شود ما ها مطیع و ابداً جنگ و جدل نداریم. ثانیاً این شاهزاده مغرض تمام مردم و مرد متعددی ظالم، خائن، فاجر و کافر است ماها با او دیگر طرف سوال و جواب نخواهیم بود. دولت و ملت را تمام کرده و جمیع مردم را هم به مرور متهم نموده است تا او را تغییر ندهند ماها از مسجد بیرون نخواهیم رفت و استدعا داریم که شاه هم التفات فرموده به این یک عرض بندگان مظلوم خدا گوش کرده، بپذیرد تا مردم آسوده شده و متفرق شوند.
اما در باب این سلطان قاتل ما کاری به او نداریم و قبول هم نکردند و گفتند قاتل ما همان شاهزاده است بعد از آنکه شاهزاده معزول شد قرار این کار نیز داده خواهد شد. حاجی آقا محسن با این جوابها و با این قاتل مراجعت کرده و کار از طرفین باز سخت شده است."
چنانچه در این سند ملاحظه میشود شخصیت مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی به حدی بارز و عالی بوده که درباریان قاتل را هم به معیت معظم‌له به مسجد به میان جمعیت برافروخته و عصبانی فرستاده‌اند چون یقین داشته‌اند با بودن مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی و احترام به ایشان عمل حادی درباره قاتل نخواهد شد و با این عمل می‌خواسته‌اند از عصبانیت و ناراحتی مردم بکاهند.
مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی عین پیام دربار را به آقایان علما و حاضری در مجلس اعلام می‌دارند و بطوریکه از سند مزبور برمی‌آید، در مراجعت عین پیام حاد و سخت آقایان علما را که در مسجد جامع جمع بودند، به دربار ابلاغ و قاتل را هم برگردانده و تحویل دربار نمودند. شاید اگر دیگری به جای ایشان بود جرات و شهامت آن را نداشت پیام آقایان علما را تماما و بدون حذف کلمه‌ای ابلاغ نماید. گرچه معظم‌له دارای روابط بسیار نامطلوب با مظفرالدین شاه بوده، ولی بزرگی و آقایی ایشان ایجاب می‌کرده که وقتی دولتمردان به ایشان متوسل شده‌اند حامل پیام گردد و نزد آقایان علما رفته و درخواست دولتیان را به ایشان اعلام دارد.
مرحوم آقای آقا سید یعقوب انوار که در زمان انقلاب مشروطیت از مشروطه خواهان بوده و مدتی معلمی عده‌ای از فرزندان و نوادگان مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی را به‌عهده داشته ضمن اثری که از خود به یادگار گذارده راجع به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی می‌نویسد:
"یک نفر از گماشتگان سید الاعلام رضوان آرامگاه حاجی آقا محسن حجت الاسلام عراقی که در جستجوی من بود نزد من آمد و مرا نزد ایشان برد چه بعضی از فرزندان بواسطه و بی واسطه آن بزرگوار در ایامی که در مدرسه بودم در تدریس علوم ادبیه و منطق در مجلس درسم حاضر می‌شدند و از جریان کارم در مدرسه حضرت ایشان را مستحضر نموده بودند. آن حضرت همان موقع امر می‌دهند که منزلی آراسته با لوازم و مستخدم و میهماندار از فرزندان به واسطه خود برای من معین نماید. حضورشان تشرف جستم.
شرح حالات و اخلاق ایشان:
یک دهن خواهم به پهنای فلک تا بگویم شرح آن رشک ملک
سید بزرگوار سادات محترم مدینه طیبه و ذریه حضرت خامس آل عباد بودند. پدر اعلا عالیمقام ایشان با احتراماتی شایان از مدینه به عراق (اراک) تشریف می‌آوردند. رضوان آرامگاه حاجی آقا محسن فرزند طبقه سوم از آن بزرگوارند. خانواده عظیمی در عراق انجام تاسیس می‌فرمایند. همه مجتهد و متقی و مرجع احکام شرعیه. ملحوظ نظر سلاطین وقت و سلاطین همه گونه احترامات آنها را مرعی میداشتند. اهالی آن سرزمین از عالی و دانی افتخار خدمتگزاری آن خانواده را داشته‌اند و ریاست تامه اخیر با حضرت سید بزرگوار حاجی آقا محسن برقرار گردید.
مقام علمی ایشان در فقه، فقه صاحب جواهر و در اصول، اصول شریف العلماء چاپلقی که ایشان میرزا قمی صاحب قوانین است و در تفسیر و اخبار شاگرد آقا سید جعفر کشفی. در علم رجال هم دارای مقام عالی بودند با توقلی که در علوم ظاهر و منقول داشتند شوق فراوان و رغبت تام به حکمت صدرالمتالهین آخوند ملاصدرا و عرفان محی‌الدین مغربی نیز داشتند. این نادره زمان خود در آن ایام با این مقامات علمی در احیای موات و ایجاد علاقه جات بر همه تفوق داشته و در زمان خود چهل و پنج یا شش رشته قنات را احیا و احداث نمودند. عموم طلاب عراق از ایشان شهریه‌گیر بودند. موقوفات کثیری برای طلاب و اماکن مقدسه عتبات عالیات برقرار نمودند. درباره احیا موات و تعلیم عموم به کسب و زراعت و آبادی ارضی ثانی نداشتند.
من چه گویم یک رگم هشیار نیست شرح آن یاری که آن را یار نیست
خوانندگان بدانید که این شرح را امسال که سال ۱۳۶۹ هجری قمری است می‌نویسم. روح پاک آن سید بزرگوار به عالم بالا صعود نموده و اشخاصی که با آن خانواده معظم مرتبط هستند می‌دانند که هیچ استفاده‌ای از آنها نداشته‌ام، آنچه نوشته‌ام حقایقی بود که از آن حضرت مشاهده نمودم.
در اول شورش و انقلاب مشروطیت بعضی از حاسدین آن بزرگوار انتشاراتی دادند. پس از رحلت ایشان در بحبوحه انقلاب بر همه دوست و دشمن محقق گردید که هیچ یک از این انتشارات حقیقت نداشته و به کلی خارج از واقعیت بوده است. در این موضوع بسط نمیدهم.
مطالب بالا از کتاب مرحوم آقای سید آقا یعقوب انوار نقل شده است. گرچه ایشان در مورد جد اعلای مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی که به کرهرود آمده است اشتباها جد سوم ذکر نموده‌اند، در صورتی که سید محمد مکی که به کرهرود آمده است، جد دهم مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بوده، ولی از لحاظ امانت عین نوشته ایشان نقل شده است.
سید جمال الدین اسد آبادی نامه‌ای مفصل در مورد وضعیت آن روزی ایران نوشته و برای ده نفر از بزرگترین مراجع و شخصیت‌ها این نامه را ارسال داشته، یکی از ده نفری که سیدجمال‌الدین مکتوب خود را برای او ارسال داشته است، مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی بوده است.
چنانچه خوانندگان مستحضر می‌باشند سید جمال الدین اسد‌آبادی به عنوان مخالفت با زورگویی و استبداد و سلطه انگلیس‌ها قیام نموده و چون می‌دانسته و اطلاع داشته که یکی از افرادی که در مقابل زورگویی و استبداد و سلطه بیگانگان ایستادگی می‌نماید مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی میباشد، لهذا مکتوب خود را برای ایشان ارسال داشته است.
بزرگترین مرجع روحانیت که در آن عصر مشروطیت و مشروطه خواهان را تقویت می‌نموده، مرحوم آیت الله العظمی آخوند ملا کاظم خراسانی بوده است و چنانچه قبلاً متذکر گردیده بین ایشان و مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی دوستی خیلی نزدیک برقرار بوده و چنانچه در مورد مشروطیت اختلاف نظر داشتند این همبستگی بین آنها برقرار نمی‌شد و بالاخره در سال ۱۳۲۴ قمری پس از اینکه اعطای مشروطیت شد بر اثر فشار روحانیت و افکار عمومی به مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی اجازه داده میشود به عراق (اراک) مراجعت نماید و به تبعید و نفی بلد ایشان خاتمه داده میشود.
پس از رحلت مرحوم آیت‌الله‌العظمی آقای حاج آقا محسن اراکی، فرزندان ایشان سیاست ضد استبداد و سلطه طلبی را تعقیب نمودند و مرحوم آقای حاجی آقا عبدالعظیم نوه مرحوم آقا را که مردی آزادی خواه و از عاشقان آزادی بود با پنجاه سوار روانه تهران کردند که در قم به مرحوم سردار اسعد و سواران بختیاری ملحق گردید و در جنگ با محمدعلیشاه و فتح تهران شرکت داشته است.